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(一)綜合科。負責文秘、機要、宣傳、督查督辦、檔案管理、后動管理和應急事務處置等工作;負責信息化建設規劃和項目實施;負責信息化建設相關軟、硬件的管理、維護、升級和技術持;負責信息化知識的培訓;負責計算機信息系統保密;負責項目受理與分配;接受質疑，督辦質疑回復情況;負責公共資源交易不良行為記錄上報;負責制定交易制度與流程;負責公共資源交易服務標準化建設;負責統計分析評價各類交易數據，并定期發布;負責評審專家抽取服務。
(二)人事財務科。負責中心人事管理和機構編制工作;負責中心國有資產管理工作;負責交易保證金的收退和清算工作;負責招標代理和交易費用收取、結算工作;負責部門預算編制和執行工作;負責財務管理和內部審計工作。
(三)建設工程交易科。負責建設工程招投標業務操作。
(四)土地礦產交易科。負責國有土地資源、礦業資源的出讓業務操作。
(五)政府采購交易科。負責政府采購業務操作。
(六)產權交易科(其他資源交易科)，負國有、集體等各類市場主體產權轉讓及其他公共資源交易業務操作。
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